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Revision as of 14:26, 8 March 2010 by Aschmei (talk | contribs) (Phenylalanine, tyrosine, tryptophan)
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General comments about all diagrams

  • There seem to be some compatibility problems using Google Chrome. Nonetheless, Mozilla Firefox, Netscape, Microsoft Explorer, Safari, and Opera are working properly.
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Carbon metabolism

Central carbon metabolism

  • (Please check whether the "y" genes in the diagrams have already new names. Jörg)

Utilization of different carbon sources

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Nitrogen and amino acid metabolism

Ammonium assimilation and glutamate metabolism (incl. glutamine and arginine)

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Alanine, glycine, serine

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Aspartate, asparagine

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Cysteine, methionine

  • Repel: Eventuell Einbindung von Extramarkern für die S-Box (bzw. alle riboswitches)???? Es gibt ja dafür extra Seiten im Subtiwiki. Sollte man aber erst mal mit Lope und Arne diskutieren (Jörg)
  • Cystin-Aufnahme-Systeme mit aufnehmen: TcyP, TcyABC, TcyJKLMN (Jörg)

Histidine

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Isoleucine, valine, leucine

  • Isoleucin-Abbau: Bcd und YwaA sind zwei unterschiedliche Reaktionen, Bcd geht mit NAD, nicht mit 2-KG (Jörg)

Lysine, threonine

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Phenylalanine, tyrosine, tryptophan

  • Reaktionen Chorismat ---> Folat --> jetzt vielleicht Verlinkung zu den entsprechenden Diagrammen?

Proline

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Lipid metabolism

Fatty acid and phospholipid biosynthesis

  • The structure of PDGP is wrong (although the name, CDP-diacylglycerol, seems right). Wrong PubChem ID?
  • The same applies for phosphatidylglycerol, L-serine, and others.

Fatty acid degradation

Nucleotides

Gene regulation of nucleotides

  • (dut nicht in SubtiWiki --> ist vermutlich yncF (dUTP diphosphatase, Bezeichnung dut aus Paper Goelzer), im Diagramm ändern, Dut als Synonym übernehmen?)
  • (RpsA nicht in SubtiWiki --> ist vermutlich ypfD (RpsA = Homolog aus E.coli, Bezeichnung aus Paper Goelzer), im Diagramm ändern!)

Nucleosides catabolism

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Purine metabolism

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Purine catabolism

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Purine salvage pathways

  • (RelA muss groß geschrieben werden)
  • (GucA nicht in SubtiWiki)

Pyrimidine metabolism

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Metabolism of cofactors

CoA synthesis

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Folate biosynthesis

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Menaquinone

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Riboflavin and FAD synthesis

Thiamin synthesis


Other pathways

Cellwall

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Stress response

  • (PurP muss PurS sein)
  • (SpoVt muss SpoVT sein)
  • (sigB groß)
  • (sigF groß)
  • (glutamate (bei Prolinsynthese) lila)
  • (OpuAABCD muss OpuB(ABCD) sein)

Phosphorelay

Sulfate assimilation

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tRNA charging

  • Arne, wir hatten doch eine Extra-Diskussion über die Rolle von TilS. Das fehlt hier aber! Jörg

Biofilm formation